Hari Kesehatan Nasional diperingati pertama kali pada 12 November 1964 untuk mengingat keberhasilan pemberantasan malaria. Bermula pada tahun 1950-an, ketika penyakit malaria mewabah, ratusan ribu jiwa terenggut. Karena itulah, pemerintah berupaya melakukan pemberantasan Malaria di seluruh penjuru Indonesia. Tahun 1959 dibentuklah Dinas Pembasmian Malaria kemudian pada bulan Januari 1963 berubah namanya menjadi Komando Operasi Pemberantasan Malaria (KOPEM).
Pembasmian malaria dilakukan dengan menggunakan insektisida Dichloro Diphenyl Trichloroethane (DDT) yang disemprotkan secara massal ke rumah-rumah di seluruh Jawa, Bali, dan Lampung. Penyemprotan secara simbolis dilakukan oleh Presiden Ke-1 RI Sukarno pada tanggal 12 November 1959 di Desa Kalasan, Yogyakarta. Dibarengi dengan kegiatan pendidikan kesehatan atau penyuluhan kepada masyarakat. Lima tahun kemudian, lebih kurang 63 juta penduduk telah mendapat perlindungan dari penyakit malaria.
Karena itu, pada tanggal 12 November 1964, keberhasilan pemberantasan malaria tersebut diperingati sebagai Hari Kesehatan Nasional (HKN) pertama. Hal inilah menjadi titik awal kebersamaan seluruh komponen bangsa dalam pembangunan kesehatan di Indonesia.
Pada tahun 2021, peringatan ke- 57 pemerintah Indonesia mengambil tema Sehat Negeriku Tumbuh Indonesiaku. Salah satu arti terpenting dari tema hari kesehatan nasional 2021 adalah bagaimana pemerintah dan juga seluruh elemen terkait berusaha untuk terus meningkatkan pelayanan kesehatan kepada seluruh masyarakat sampai ke pelosok Indonesia.
Karena kesehatan merupakan salah satu hal terpenting dan vital dalam kehidupan.